| Полное название | Europe PMC, ранее Europe PubMed Central. Запущен в январе 2007 года как UK PubMed Central, переименован 1 ноября 2012 года |
| Тип источника | Библиографический и полнотекстовый архив литературы, а не каталог рекомендаций |
| Страна | Великобритания, кампус Wellcome Genome в Хинкстоне. Разработку ведёт EMBL-EBI |
| Язык | Только английский интерфейс. Язык самих публикаций фильтруется отдельным полем |
| База рекомендаций | Счётчик на главной показывает около 48,8 миллиона записей. Записей с типом публикации guideline около 46,6 тысячи, с типом practice guideline около 39,9 тысячи |
| Методология | Собственной методологии оценки нет: это архив. Качество документа определяется его издателем |
| Доступ | Бесплатно для всех и без регистрации. Аккаунт нужен только чтобы сохранять запросы. Программный интерфейс открыт и не требует ключа |
| Доступ из России | Открывается напрямую |
| Адрес | europepmc.org |
Что содержит Europe PMC
Проект ведёт Европейский институт биоинформатики в сотрудничестве с Национальной медицинской библиотекой США как часть международной сети архивов PubMed Central. Финансирует его группа научных фондов, страница проекта говорит о более чем трёх десятках организаций-участников. Базу зеркалируют с американского PubMed Central, но точным зеркалом она не является: часть старых статей, опубликованных до соглашения 2006 года, в неё не попала.
Состав. Все абстракты из PubMed и MEDLINE, полные тексты из PubMed Central, более миллиона препринтов с трёх десятков серверов, книги из библиотеки NCBI, диссертации, патенты и несколько унаследованных коллекций. Поверх этого лежит слой текстового майнинга: более миллиарда аннотаций по четырём десяткам типов сущностей, идентификаторы исследовательских ресурсов, ссылки на биологические базы данных.
Теперь главное, ради чего этот источник в каталоге, и главная оговорка к нему. Специализированной коллекции клинических рекомендаций здесь по существу нет. Отдельный источник под названием британских клинических руководств службы NHS Evidence в базе есть, в нём около 2900 документов, но он заморожен: самые свежие записи датированы апрелем 2011 года, а сам сервис NHS Evidence давно не работает. Практическое следствие неочевидное, но важное: искать в этой коллекции по нынешнему названию британского института бесполезно, потому что оно появилось позже, чем последняя запись.
Что работает вместо этого. Фильтр по типу публикации. Разметка типа наследуется из MEDLINE, и это даёт вполне рабочую выборку: около 46,6 тысячи записей с типом guideline и около 39,9 тысячи с типом practice guideline. Полный текст при этом есть лишь у небольшой доли, порядка шести тысяч, а в открытом доступе примерно у трёх тысяч. Полные тексты руководств британского института физически лежат в книжной коллекции NCBI и доступны здесь как обычные записи MEDLINE с идентификатором, а не как отдельная курируемая коллекция.
Иными словами, это не каталог рекомендаций и не может им быть. Здесь нет статуса документа, нет версий, нет пометки о замене или отзыве, нет метаданных о методологии и нет привязки к нозологическому реестру. Но как инструмент поиска по литературе, включая тексты самих руководств, ресурс работает лучше PubMed, и именно этим полезен.
Как искать рекомендации
Сила ресурса в синтаксисе запросов. Фразы с пробелами обязательно заключаются в двойные кавычки.
Базовые запросы для поиска руководств.
PUB_TYPE:"guideline"даёт самую широкую выборку документов, размеченных как руководства, около 46,6 тысячи записей.PUB_TYPE:"practice guideline"сужает до практических руководств, около 39,9 тысячи.SRC:HIRоткрывает замороженную коллекцию британских руководств службы NHS Evidence, около 2900 документов до апреля 2011 года. Полезно только для исторических справок.- Комбинация типа публикации с названием организации отсекает лишнее: например тип practice guideline вместе с точным названием общества в кавычках даёт его документы.
Чего нет в PubMed и есть здесь. Поиск идёт одновременно по абстрактам и по полным текстам, а внутри полного текста можно искать по разделам статьи. Работают префиксы разделов: введение, методы, результаты, обсуждение, заключение, описание случая, приложение, дополнительные материалы, список литературы, благодарности и финансирование, конфликт интересов, вклад авторов. Отдельно доступен поиск по содержимому таблиц и по подписям к рисункам. Для работы с рекомендациями это даёт неожиданно полезный приём: искать формулировку прямо в таблице рекомендаций или в разделе методов, где описана процедура разработки.
Доступ и интерфейсы. Всё бесплатно и без регистрации. Аккаунт нужен только чтобы сохранять и перезапускать запросы, вход по идентификатору исследователя требуется лишь для привязки собственных публикаций. Есть открытый программный интерфейс без ключа, отдельный интерфейс по грантам, протокол выгрузки метаданных и массовые выгрузки по файловому протоколу. Правила прямо запрещают автоматическую массовую выгрузку содержимого, не находящегося в открытом доступе, и частота обращений к интерфейсу жёстко ограничивается.
Практический порядок работы. Начать с фильтра по типу публикации в сочетании с нозологией, затем сузить по годам и по наличию полного текста. Если нужен документ конкретной организации, добавить её точное название в кавычках. И помнить, что найденная здесь запись это публикация в журнале, а не актуальная версия руководства: проверять статус надо на сайте разработчика.
Статус в России
Сайт и программный интерфейс открываются напрямую, уведомлений о географических ограничениях на ресурсе нет. Ошибки при частых автоматических обращениях вызваны ограничением частоты запросов, а не блокировкой.
Интерфейс только английский, переключателя языка нет вовсе. Российских клинических рекомендаций в базе нет: охват наследуется от MEDLINE и PubMed Central, рубрикатор Минздрава туда не индексируется. Русскоязычные материалы появляются только в виде статей российских журналов, попавших в MEDLINE.
Для чего ресурс полезен российскому врачу и исследователю. Во-первых, это самый удобный бесплатный способ найти полный текст зарубежной рекомендации, если сайт общества закрыт подпиской: полнотекстовый поиск нередко находит документ там, где PubMed показывает только абстракт. Во-вторых, поиск по разделам статьи позволяет быстро находить методологическую часть: как формировалась панель, какая была стратегия поиска, как голосовали. В-третьих, для тех, кто пишет обзоры и сам разрабатывает рекомендации, здесь есть открытый программный интерфейс без ключа, чего у большинства баз нет.
Чего ждать не стоит: это не замена каталогу рекомендаций. Доля документов с типом guideline составляет около одной тысячной от всей базы, и в неё попадает только то, что опубликовано в журналах, индексируемых MEDLINE. Рекомендации министерств, национальных порталов и обществ, выходящие вне журналов, здесь отсутствуют целиком. Статуса документа и отметки о замене тоже нет, поэтому актуальность всегда проверяется на сайте разработчика.
Частые вопросы
Есть ли в Europe PMC отдельная коллекция клинических рекомендаций?
Формально есть, фактически она мертва. Это коллекция британских клинических руководств службы NHS Evidence, около 2900 документов. Проблема в том, что самые свежие записи в ней датированы апрелем 2011 года, а сама служба NHS Evidence давно не работает. Есть и неочевидное следствие: поиск по нынешнему названию британского института в этой коллекции не даёт ничего, потому что название изменилось позже последней записи. Полные тексты современных британских руководств в базе присутствуют, но приходят они как обычные записи MEDLINE, а не как курируемая коллекция. Поэтому рабочим инструментом остаётся не фильтр по источнику, а фильтр по типу публикации.
Какие запросы искать рекомендации реально работают?
Основных два. Запрос по типу публикации guideline даёт самую широкую выборку размеченных как руководства документов, около 46,6 тысячи записей. Запрос по типу practice guideline сужает её примерно до 39,9 тысячи. Запрос по источнику HIR открывает замороженную британскую коллекцию и полезен только для исторических справок. Хорошо работает комбинация типа публикации с точным названием организации в кавычках: так отсекаются статьи, которые просто упоминают общество. Все фразы с пробелами обязательно берутся в двойные кавычки. Дальше выборку стоит сужать по годам и по наличию полного текста, потому что полный текст есть примерно у шести тысяч записей из сорока с лишним тысяч.
Чем это отличается от PubMed?
Охватом поиска. PubMed ищет по абстрактам, архив PubMed Central по полным текстам, а Europe PMC делает и то, и другое одновременно, плюс умеет искать внутри разделов статьи, в таблицах и в подписях к рисункам. Есть и менее очевидные отличия. В базе есть препринты, которых в PubMed нет, и связи между препринтом и вышедшей из него статьёй. Есть слой текстового майнинга с аннотациями сущностей и ссылками на биологические базы данных. И есть открытый программный интерфейс без ключа, что делает ресурс пригодным для автоматизированного мониторинга литературы, тогда как у большинства баз это закрытая или платная возможность.
Нужна ли регистрация и есть ли ограничения?
Регистрация не нужна: ресурс бесплатен для всех. Аккаунт даёт возможность сохранять и перезапускать запросы, вход по идентификатору исследователя нужен только для привязки собственных публикаций. Программный интерфейс открыт и не требует ключа, есть также отдельный интерфейс по грантам, протокол выгрузки метаданных и массовые выгрузки по файловому протоколу. Ограничения два. Первое юридическое: правила прямо запрещают автоматическую массовую выгрузку содержимого, не находящегося в открытом доступе. Второе техническое: частота обращений к интерфейсу жёстко ограничивается, и при интенсивных запросах сервер начинает отвечать отказом. Для разовой работы через браузер это незаметно.
Можно ли считать Europe PMC каталогом рекомендаций?
Нет, и это принципиально. Ограничения охвата описаны выше; здесь важнее сказать, чего в базе нет по устройству. Записи здесь это публикации, а не документы в реестре: у них нет статуса «действует» или «заменён», нет версий, нет отметки об отзыве, нет метаданных о методологии разработки вроде GRADE или AGREE II и нет привязки к нозологическому классификатору. Поэтому запись 2014 года и запись 2026 года выглядят одинаково авторитетно, хотя первая может быть давно заменена. Правильная роль ресурса вспомогательная: найти полный текст, найти методологическую часть, найти публикации вокруг руководства. Актуальность версии всегда проверяется на сайте разработчика.
Похожие источники
Библиографический указатель с ручной индексацией и воспроизводимым поиском
Систематические обзоры и метаанализы, доказательная основа под рекомендациями
Метапоиск по доказательной медицине с ранжированием по уровню доказательности
Британские рекомендации, полные тексты которых индексируются в базе